Dem Leitsystem liegt eine Hierarchie gleichförmiger Elemente zugrunde, die nach definierten Größen gestaffelt sind. Die Fülle der kontextuellen Möglichkeiten hat uns auf die mehrdimensionale Form des Quaders gebracht. Jede Raumseite des Quaders kann eine inhaltliche Informationsebene repräsentieren. Dies ermöglicht eine komplexe Information über die Sammlungen und die Museumsgebäude. Der Quader tritt als Einzelelement und in Formationen auf. Unterschiedliche Formationen setzen sich aus proportional gleichgestaltigen Grundelementen zusammen. Die gleichbleibende Proportion/Farbigkeit der Quader, die in vier Formaten verwendet werden, gewährleistet die Wiedererkennbarkeit der einzelnen Elemente. Die so aufeinander bezogenen Elemente werden als System wahrgenommen. Das Quadersystem erlaubt vielseitige Anwendungen. Es kann in Form von Reihungen, Stapelungen, Staffelungen, als Modulsystem und als begehbarer Raum auftreten. Seine Grundfunktion ist die Signifikation und Orientierung. Darüber hinaus ist das System offen für die spielerische Anwendung unterschiedlicher Medien: LED, Monitore, Film, Projektion, Animation und Internet, z.B. Verwandlung zur bewegten Bildwand mit eingebauten Monitoren oder Installation eines transitorischen Ausstellungskubus. Die monolithischen Quader, die vor den sechs Museen platziert sind, bezeichnen mit einer Seite das betreffende Museum. Einer anderen Seite der Quader ist die Geschichte des jeweiligen Museumsgebäudes eingeschrieben. Dadurch wird jedes Museum zu einem Exponat an sich, das durch einen historischen Metatext erläutert wird. Jeder Spaziergänger, der die Museumsinsel betritt, besucht eineAusstellung, ohne ein Museum betreten zu haben.
Die "Museumsinselfarbe" ist ein warmes, helles, intensives Rot, welches in der Außenumgebung leuchtet. In den Innenräumen der Museen setzt das Rot einen Kontrast zur alten Bausubstanz, harmoniert aber trotz seiner Signalkraft mit dem Bestehenden. Die Beschränkung und konsequente Anwendung einer Farbe wird zum starken Erkennungsmerkmal. Die Farbe unterstreicht und behauptet den Elementcharakter jedes einzelnen Quaders, der Ausschnitt des hierarchisch formatierten Ganzen ist. Die Anwendung einer singulären Farbe, Form und Schrift für das Corporate Design und Leitsystem der Museumsinsel prägt ihre Identität.